この規格 プレビューページの目次
※一部、英文及び仏文を自動翻訳した日本語訳を使用しています。
3 用語と定義
このドキュメントの目的のために、ISO/IEC 23092-1 および ISO/IEC 23092-2 の用語と定義、および以下が適用されます。
ISO および IEC は、次のアドレスで標準化に使用する用語データベースを維持しています。
3.1
バム
SAM の圧縮バイナリ バージョン
3.2
データセット グループ
1 つ以上のデータセットのコレクション
注記1どの情報が表現されるかは、ゲノム情報の表現によって異なります。
参考文献
| [1] | ISO/IEC 9834-8, 情報技術 — オブジェクト識別子登録機関の運用手順 — 8: Universally Unique Identifier (UUID) の生成とオブジェクト識別子での使用 |
| [2] | ISO/IEC 10646, 情報技術 — 汎用コード化文字セット (UCS) |
| [3] | W3C, 拡張マークアップ言語 (XML) 1., 2016 年。入手可能: https://www.w3.org/TR/xml11/ |
| [4] | W3C, XML 1.0 の名前空間 (第 3 版)、2009 年。入手可能: https://www.w3.org/TR/xmldsig-core1/ |
| [5] | W3C, XML 暗号化構文および処理バージョン 1.1, 2013 年。入手可能: https://www.w3.org/TR/xmlenc-core1/ |
| [6] | W3C, XML 署名の構文および処理バージョン 1.1, 2013 年。入手可能: https://www.w3.org/TR/xmldsig-core1/ |
| [7] | NIST, 800-38 2001 年の操作方法および技法のブロック暗号モードに関する推奨 事項。 |
| [8] | NIST, 800-38ブロック暗号操作モードの推奨事項: ガロア/カウンター モード (GCM) および GMA 2007年公開: https://nvlpubs.nist.gov/nistpubs/Legacy/SP/nistspecialpublication800-38d.pdf |
| [9] | EBI, 読み取りドメイン XML 1.5 メタデータ形式"、2019 年 3 月に利用可能: https://www.ebi.ac.uk/ena/submit/read-data-format |
| [10] | NCBI, プレビュー BioSample の種類と属性"、利用可能: https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/template/ |
| [11] | EGA, ヨーロッパのゲノムフェノーム アーカイブ、利用可能: https://ega-archive.org/ |
| [12] | SAM/BAM フォーマット仕様ワーキング グループ。配列アラインメント/マップ形式の仕様。入手可能: https://github.com/samtools/hts-specs/blob/c0358f5/SAMv1.pdf |
| [13] | B roadInstitute 、Picard の ValidateSamFile コマンド。入手可能: http://broadinstitute.github.io/picard/command-line-overview.html#ValidateSamFile |
3 Terms and definitions
For the purposes of this document, the terms and definitions in ISO/IEC 23092-1 and ISO/IEC 23092-2 and the following apply.
ISO and IEC maintain terminology databases for use in standardization at the following addresses:
3.1
BAM
compressed binary version of SAM
3.2
dataset group
collection of one or more datasets
Note 1 to entry: Which information is represented varies depending on the genomic information representation.
Bibliography
| [1] | ISO/IEC 9834-8, Information technology — Procedures for the operation of object identifier registration authorities — 8: Generation of universally unique identifiers (UUIDs) and their use in object identifiers |
| [2] | ISO/IEC 10646, Information technology — Universal coded character set (UCS) |
| [3] | W3C, Extensible Markup Language (XML) 1.1 (Second Edition), 2016. Available: https://www.w3.org/TR/xml11/ |
| [4] | W3C, Namespaces in XML 1.0 (Third Edition), 2009. Available: https://www.w3.org/TR/xmldsig-core1/ |
| [5] | W3C, XML Encryption Syntax and Processing Version 1.1, 2013. Available: https://www.w3.org/TR/xmlenc-core1/ |
| [6] | W3C, XML Signature Syntax and Processing Version 1.1, 2013. Available: https://www.w3.org/TR/xmldsig-core1/ |
| [7] | NIST, 800-38A. Recommendation for Block Cipher Modes of Operation Methods and Techniques, 2001. Available: https://nvlpubs.nist.gov/nistpubs/legacy/sp/nistspecialpublication800-38a.pdf |
| [8] | NIST, 800-38D. Recommendation for Block Cipher Modes of Operation: Galois/Counter Mode (GCM) and GMAC. 2007 Available: https://nvlpubs.nist.gov/nistpubs/Legacy/SP/nistspecialpublication800-38d.pdf |
| [9] | EBI, Read domain XML 1.5 metadata format", Available on March 2019: https://www.ebi.ac.uk/ena/submit/read-data-format |
| [10] | NCBI, Preview BioSample types and attributes", Available: https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/biosample/template/ |
| [11] | EGA, European genome-phenome archive, Available: https://ega-archive.org/ |
| [12] | SAM/BAM format specification Working Group. Sequence Alignment/ Map Format Specification. Available at: https://github.com/samtools/hts-specs/blob/c0358f5/SAMv1.pdf |
| [13] | Broad Institute, Picard’s ValidateSamFile command. Available at: http://broadinstitute.github.io/picard/command-line-overview.html#ValidateSamFile |