この規格 プレビューページの目次
※一部、英文及び仏文を自動翻訳した日本語訳を使用しています。
3 用語と定義
この文書の目的としては、ISO 16577 および以下に示されている用語と定義が適用されます。
ISO と IEC は、標準化に使用する用語データベースを次のアドレスで維持しています。
3.1
アライメント
配列アラインメント
類似領域に応じた核酸配列またはタンパク質配列の配置
注記 1: アラインメントとは、最大レベルの 同一性を達成するために 2 つ以上の生物学的配列のヌクレオチド残基を一致させるプロセスまたは結果である (3.3) 。
[出典:ISO 16577:2022, 3.7.18, 修正 - 「アライメント」が優先用語として追加されました。エントリに注記 1 を追加しました。]
3.2
ファスタ形式
ヌクレオチド配列またはアミノ酸 (タンパク質) 配列を表すためのテキストベースの形式。ヌクレオチドまたはアミノ酸は 1 文字のコードを使用して表されます。
注記 1: FASTA 形式のシーケンスは 1 行の記述で始まり、その後にシーケンスデータの行が続きます。記述行（defline）は、先頭の大なり記号（“>”）によりシーケンスデータと区別されます。テキストのすべての行の長さを 80 文字未満にすることをお勧めします。
- 小文字は受け入れられ、大文字にマッピングされます。
- 単一のハイフンまたはダッシュを使用して、不定の長さのギャップを表すことができます。
[出典:ISO 16577:2022, 3.1.2, 修正済み — エントリの注 2 の例が置き換えられました。注記 3 の 3 番目のリスト項目が削除されました。]
3.3
身元
2 つの (ヌクレオチドまたはアミノ酸) 配列が アラインメントの同じ位置に同じ残基を持つ程度 (3.1)
注記 1:アイデンティティはパーセンテージで表現されることがよくあります。
注記 2: Barcode of Life (BOLD) の配列データベースでは、同一性の代わりに「類似性」という用語が使用されています。
3.4
遺伝子移入された DNA
ある種の対立遺伝子が別の分岐種の遺伝子プールに組み込まれること
注記 1: 遺伝子移入は、通常、異なる種に属する個体の交雑と戻し交配によって起こります。
3.5
クエリ
データベース内のエントリと比較されるシーケンス (または他の種類の検索語)
3.6
クエリカバレッジ
データベース配列に対する アライメント (3.1) によってカバーされる クエリ (3.5) の割合
参考文献
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| 27 | ISO 16577:2022, 分子バイオマーカー分析 — 農業および食品生産における分子バイオマーカー分析方法の語彙 |
3 Terms and definitions
For the purposes of this document, the terms and definitions given in ISO 16577 and the following apply.
ISO and IEC maintain terminology databases for use in standardization at the following addresses:
3.1
alignment
sequence alignment
arrangement of nucleic acid sequences or protein sequences according to regions of similarity
Note 1 to entry: Alignment is a process or result of matching up the nucleotide residues of two or more biological sequences to achieve maximal levels of identity (3.3) .
[SOURCE:ISO 16577:2022, 3.7.18, modified — “alignment” was added as the preferred term; Note 1 to entry was added.]
3.2
FASTA format
text-based format for representing either nucleotide sequences or amino acid (protein) sequences, in which nucleotides or amino acids are represented using single-letter codes
Note 1 to entry: A sequence in FASTA format begins with a single-line description, followed by lines of sequence data. The description line (defline) is distinguished from the sequence data by a greater-than (“>”) symbol at the beginning. It is recommended that all lines of text be shorter than 80 characters in length.
- lower-case letters are accepted and are mapped into upper-case;
- a single hyphen or dash can be used to represent a gap of indeterminate length.
[SOURCE:ISO 16577:2022, 3.1.2, modified — Example in Note 2 to entry was replaced; the third list item in Note 3 to entry was deleted.]
3.3
identity
extent to which two (nucleotide or amino acid) sequences have the same residues at the same positions in an alignment (3.1)
Note 1 to entry: Identity is often expressed as a percentage.
Note 2 to entry: In the sequence database of the Barcode of Life (BOLD), the term"similarity" is used instead of identity.
3.4
introgressed DNA
allele from one species incorporated in the gene pool of another, divergent species
Note 1 to entry: Introgression has usually happened via hybridization and backcrossing of individuals belonging to different species.
3.5
query
sequence (or other type of search term) that is compared to entries in a database
3.6
query coverage
percentage of the query (3.5) covered by alignment (3.1) to the database sequence
Bibliography
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