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※一部、英文及び仏文を自動翻訳した日本語訳を使用しています。
1 スコープ
この文書は、DNA バーコーディング技術に基づいて、生態毒性試験標本 (主に無脊椎動物と植物) を種レベルで識別するためのプロトコルを指定します。このプロトコルは、ウェットラボとデータ分析の両方のワークフローを可能な限り標準化し、コミュニティの標準とガイドラインに準拠させるために、DNA バーコーディングを実行する研究室で使用できます。
この文書は、各試験方法に対して 1 つの特定の株を指定することを意図したものではなく、使用された種/株を正確に文書化することを目的としています。
注 1これは、DNA バーコーディングが各試験の実行と並行して実行されることを意味するのではなく、むしろ定期的 (たとえば、参照物質試験など、年に 1 回)、および新しい培養が開始されるたび、または進行中の培養に新しい個体が追加されるたびに実行されることを意味します。 。
この文書は、形態学に基づいた種の同定を複製したり置き換えたりすることを目的としたものではありません。逆に、DNA バーコーディングは、形態学が決定的でないwhere 補完的な識別ツールとして、または、異なる生態毒性研究室から得られた結果が同じ種または株を参照していることを確認するために、不明瞭な種を診断するために提案されています。
この文書は、形態学的診断特徴を欠く未熟な形態（卵、幼虫、幼体）の識別に適用できるほか、フィールドモニタリング研究で収集された標本の合理的な識別にも適用できここで, 多様な分類群からの多数の生物が分類されています。
注 2原則として、生態毒性試験で定期的に使用されるすべての種は、DNA バーコーディングによって分析できます。ミミズEisenia fetidaおよびE. andreiに加えて、陸生種のさらなる例としては、 Lumbrcus terrestris 、 L.rubellus 、 Allolobophora kurotica 、 Aporrectodea Rosea, A. caliginosa 、 Dendrodrilus robidus, Enchytraeus albidus, およびE. crypticus (Haplotaxida) があります。 Folsomia candida 、 F. fimetaria, Proisotoma minuta, およびSinella curviseta (トビムシ) Hypoaspis aculeiferおよびOppia nitens (Acari) Aleocharacter bilineataとPoecilus cupreus (鞘翅目) Scathophaga stercoraria, MuscaAutumnalis (双翅目)、またはPardosa sp. (クモ類)線虫やカタツムリ、さらには植物もこのリストに追加できます。
1 Scope
This document specifies a protocol to identify ecotoxicological test specimens (mainly invertebrates and plants) to the species level, based on the DNA barcoding technique. This protocol can be used by laboratories performing DNA barcoding in order to standardize both the wet-lab and data analysis workflows as much as possible, and make them compliant with community standards and guidelines.
This document does not intend to specify one particular strain for each test method, but to accurately document the species/strain which was used.
NOTE 1 This does not imply that DNA barcoding is performed in parallel to each test run, but rather regularly (e.g. once a year, such as reference substance testing) and each time a new culture is started or new individuals are added to an ongoing culture.
This document does not aim at duplicating or replacing morphological-based species identifications. On the contrary, DNA barcoding is proposed as a complementary identification tool where morphology is inconclusive, or to diagnose cryptic species, in order to ensure that the results obtained from different ecotoxicological laboratories are referring to the same species or strain.
This document is applicable to identifications of immature forms which lack morphological diagnostic characters (eggs, larvae, juveniles), as well as the streamline identification of specimens collected in field monitoring studies ここで, large numbers of organisms from diverse taxa are classified.
NOTE 2 In principle, all species regularly used in ecotoxicological testing can be analysed by DNA barcoding. Besides the earthwoms Eisenia fetida and E. andrei, further examples for terrestrial species are Lumbricus terrestris, L. rubellus, Allolobophora chlorotica, Aporrectodea rosea, and A. caliginosa, Dendrodrilus rubidus, Enchytraeus albidus, and E. crypticus (Haplotaxida); Folsomia candida, F. fimetaria, Proisotoma minuta, and Sinella curviseta (Collembola); Hypoaspis aculeifer and Oppia nitens (Acari); Aleochara bilineata and Poecilus cupreus (Coleoptera); Scathophaga stercoraria, Musca autumnalis (Diptera) or Pardosa sp. (Arachnida). Nematodes or snails and even plants can also be added to this list.