この規格 プレビューページの目次
※一部、英文及び仏文を自動翻訳した日本語訳を使用しています。
3 用語と定義
この文書の目的上、次の用語と定義が適用されます。
ISO と IEC は、標準化に使用する用語データベースを次のアドレスで維持しています。
3.1
アンプリコン
1 対の PCR プライマー (3.6) を使用した PCR (3.5) によって生成された特定の DNA 産物
3.2
DNAバーコード
それぞれの種を識別するDNA配列のユニークなパターン
3.3
エレクトロフェログラム
トレースファイル
それぞれの色が 1 つのヌクレオチドに対応する、色分けされたピークで構成されるサンガー DNA 配列のグラフィック表示の組み合わせ
注記 1:これらは、DNA 配列決定プログラムによって自動的に提供されます。
3.4
Phred品質スコア
Qスコア
シーケンス反応の精度を評価するために使用される品質尺度
注記 1:この品質尺度は、特定の塩基がシーケンサーによって誤って呼び出される確率を示します。 Phred スコアは対数スケールです。したがって、Phred が塩基に 30 (Q30) の Q スコアを割り当てた場合、これは誤った塩基コールの確率が 1000 回に 1 回に相当します。塩基コール精度が 99% (Q20) と低い場合、誤った塩基コール確率は 100 分の 1 になります。これは、100 塩基対のシーケンス読み取りごとにエラーが含まれる可能性が高いことを意味します。
3.5
ポリメラーゼ連鎖反応
PCR
分子生物学:DNAポリメラーゼとオリゴヌクレオチドプライマーペアを使用して、特定のDNAセグメントの複数のコピーを迅速に合成するための技術
3.6
PCRプライマー
特定の部位間の DNA の PCR 増幅を可能にする短いオリゴヌクレオチド (通常、長さ 15 ～ 30 ヌクレオチド)
注記 1: 2 つのプライマー (フォワードとリバース) は、テンプレート DNA の上部鎖と下部鎖に塩基対形成されており、それらの 3'-OH 末端は収束方向を向いています。
参考文献
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| 46 | ISO 11267, 土壌品質 — 土壌汚染物質によるトビムシ (フォルソミア カンジダ) の繁殖の阻害 |
| 47 | ISO 11268-1, 土壌品質 — ミミズに対する汚染物質の影響 — Part 1: アイセニア フェティダ/エイセニア アンドレイに対する急性毒性の決定 |
| 48 | ISO 11268-2, 土壌品質 — ミミズに対する汚染物質の影響 — Part 2: アイセニア フェティダ/エイセニア アンドレイの繁殖に対する影響の測定 |
| 49 | ISO 17512-1, 土壌品質 — 土壌の品質と行動に対する化学物質の影響を判定するための回避テスト — Part 1: ミミズ (Eisenia fetida および Eisenia andrei) を用いたテスト |
| 50 | ISO 17512-2, 土壌品質 — 土壌の品質および行動に対する化学物質の影響を決定するための回避テスト — Part 2: トビバブ (Folsomia candida) を使用したテスト |
| 51 | ISO 21285, 土壌品質 — 捕食性ダニ Hypoaspis aculeifer (ガマシナ、アカリ)を使用して土壌の品質をテストするための再現テスト5 |
3 Terms and definitions
For the purposes of this document, the following terms and definitions apply.
ISO and IEC maintain terminological databases for use in standardization at the following addresses:
3.1
amplicon
specific DNA product generated by PCR (3.5) using one pair of PCR primers (3.6)
3.2
DNA barcode
unique pattern of DNA sequence that identifies each species
3.3
electropherogram
trace file
combination of a graphical representation of a Sanger DNA sequence composed of colour-coded peaks with each colour corresponding to one nucleotide
Note 1 to entry: They are automatically supplied by DNA sequencing programs.
3.4
Phred quality score
Q score
quality measure used to assess the accuracy of a sequencing reaction
Note 1 to entry: This quality measure indicates the probability that a given base is called incorrectly by the sequencer. Phred scores are on a logarithmic scale. Therefore, if Phred assigns a Q score of 30 (Q30) to a base, this is equivalent to the probability of an incorrect base call 1 in 1 000 times. A lower base call accuracy of 99 % (Q20) will have an incorrect base call probability of 1 in 100, meaning that every 100 base pairs sequencing read will likely contain an error.
3.5
polymerase chain reaction
PCR
molecular biology technique for rapidly synthesising multiple copies of a given DNA segment by using a DNA polymerase and an oligonucleotide primer pair
3.6
PCR primer
short oligonucleotides (usually 15 to 30 nucleotides in length) that allow PCR amplification of DNA between specific sites
Note 1 to entry: The two primers (a forward and a reverse) are base-paired to the top and bottom strand of the template DNA, and their 3’-OH ends are in convergent direction.
Bibliography
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| 46 | ISO 11267, Soil quality — Inhibition of reproduction of Collembola (Folsomia candida) by soil contaminants |
| 47 | ISO 11268-1, Soil quality — Effects of pollutants on earthworms — Part 1: Determination of acute toxicity to Eisenia fetida/Eisenia andrei |
| 48 | ISO 11268-2, Soil quality — Effects of pollutants on earthworms — Part 2: Determination of effects on reproduction of Eisenia fetida/Eisenia andrei |
| 49 | ISO 17512-1, Soil quality — Avoidance test for determining the quality of soils and effects of chemicals on behaviour — Part 1: Test with earthworms (Eisenia fetida and Eisenia andrei) |
| 50 | ISO 17512-2, Soil quality — Avoidance test for determining the quality of soils and effects of chemicals on behaviour — Part 2: Test with collembolans (Folsomia candida) |
| 51 | ISO 21285, Soil quality — Reproduction test for testing the quality of soils using the predatory mite Hypoaspis aculeifer (Gamasina, Acari)5 |