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※一部、英文及び仏文を自動翻訳した日本語訳を使用しています。
1 スコープ
本書では、土壌サンプルから DNA を直接抽出して、リアルタイム定量的 PCR (qPCR) を含む分子生物学のさまざまな手法によって微生物群集の存在量と組成を分析する方法を指定します。この方法は、主に農業用および森林用の土壌専用です。この方法は、有機物が豊富な土壌 (泥炭土壌など) や、有機汚染物質や重金属でひどく汚染された土壌には適していない可能性があります。
土壌サンプルからの DNA の直接抽出は、微生物群集の α および β 多様性に関する独自の洞察を提供します。土壌 DNA の PCR (ポリメラーゼ連鎖反応) 増幅によって得られるアンプリコンの次世代シーケンシングは、近い将来、土壌環境の微生物群集を監視するルーチン ツールの開発に貢献する有望なドメインを構成します。
1 Scope
The present document specifies a method for direct extraction of DNA from soil samples to analyse the abundance and composition of microbial communities by various techniques of molecular biology including real-time quantitative PCR (qPCR). This method is mainly dedicated to agricultural and forest soils. This method can possibly not be suitable for soils rich in organic matter (e.g. peat soils) or soils heavily polluted with organic pollutants or heavy metals.
The direct extraction of DNA from soil samples provides unique insight into the α- and β-diversity of microbial communities. Next-generation sequencing of amplicons obtained by PCR (polymerase chain reaction) amplification of soil DNA constitutes a promising domain which will in the near future contribute to the development of routine tools to monitor microbial communities in soil environments.