この規格 プレビューページの目次
※一部、英文及び仏文を自動翻訳した日本語訳を使用しています。
3 用語と定義
このドキュメントでは、次の用語と定義が適用されます。
ISO と IEC は、次のアドレスで標準化に使用する用語データベースを維持しています。
3.1
土壌DNA
土壌に生息する微生物から抽出されたDNAと死んだ微生物からの残りのDNA
参考文献
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| [11] | ペトリック I, フィリポ L, アバテ C, ビスポ A, チェスノット T, ハリン S, ラヴァル K, ルボー T, ルマンソー P, レイヴァル C, リンドストローム K, パンダルド P, ロメロ E, サール A, シュローター M, シモネP.、Smalla K.、Wilke BM, Martin-Laurent F.、ISO 規格 11063 の研究所間評価「土壌品質 - 土壌サンプルから DNA を直接抽出する方法」。 Ｊ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．メソッド。 84: 454-460, 2011 |
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| [16] | Lakay FM, Botha A, Prior BA, さまざまなフミン酸が豊富な土壌からの環境 DNA 抽出および精製方法の比較分析。 Ｊ．Ａｐｐｌ．微生物。 102:265-37 |
| [17] | ISO 11063:2012, 土壌品質 — 土壌サンプルから DNA を直接抽出する方法 |
3 Terms and definitions
For the purposes of this document, the following terms and definitions apply.
ISO and IEC maintain terminological databases for use in standardization at the following addresses:
3.1
soil DNA
DNA extracted from soil-living microorganisms and remaining DNA from dead microorganisms
Bibliography
| [1] | Hugenholtz P., Goebel B.M., Pace N.R., Impact of culture-independent studies on the emerging phylogenetic view of bacterial diversity. J. Bacteriol. 180: pp. 4765-4774, 1998 |
| [2] | Hill G.T., Mitkowski N.A., Aldrich-Wolfe L., Emele L.R., Jurkonie D.D., Ficke A., Maldona-Ramirez S., Lynch S.T., Nelson E.B., Methods for assessing the composition and diversity of soil microbial communities. Appl. Soil Ecol. 15: pp. 25-36, 2000 |
| [3] | Kuske C.R., Barns S.M., Bush J.D., Diverse uncultivated bacterial groups from soils of the arid southwestern United States that are present in many geographic regions. Appl. Environ. Microbiol. 63: pp. 3614-3621, 1997 |
| [4] | Niemi R.M., Heiskanen I., Wallenius K., Lindstöm K., Extraction and purification of DNA in rhizosphere soil samples for PCR-DGGE analysis of bacterial consortia. J. Microbiol. Methods. 45: pp. 155-165, 2001 |
| [5] | Nusslein K., Tiedje J.M., Characterization of the dominant and rare members of a young Hawaiian soil bacterial community with small subunit ribosmal DNA from DNA fractionated on the basis of its guanine and cytosine composition. Appl. Environ. Microbiol. 64: pp. 1283‑1289, 1998 |
| [6] | Stackebrandt E., Liesack W., Goebel B.M., Bacterial diversity in a soil sample from a subtropical Australian environment as determined by 16S rDNA analysis. FASEB J. 7 : pp. 232_236, 1993 |
| [7] | Miller D.N., Bryant J.E., J.E., Madsen, L. and Ghiorse, W.C. Evaluation and optimization of DNA extraction and purification procedures for soil and sediment samples. Appl. Environ. Microbiol. 65: pp. 4715-4724, 1999 |
| [8] | Tsai Y.-L., Olson B.H., Rapid method for direct extraction of DNA from soil and sediment. Appl. Environ. Microbiol. 57: pp. 1070-1074, 1991 |
| [9] | Zhou J., Bruns M.A., Tiedje J.M., DNA recovery from soils of diverse composition. Appl. Environ. Microbiol. 62: pp. 316-322, 1996 |
| [10] | Martin-Laurent F., Philippot L., Hallet S., Chaussod R., Germon J.C., Soulas G., Catroux G., DNA extraction from soils: old bias for new microbial diversity analysis. Appl. Environ. Microbiol. 67: pp. 2354-2359, 2001 |
| [11] | Petric I., Philippot L., Abbate C., Bispo A., Chesnot T., Hallin S., Laval K., Lebeau T., Lemanceau P., Leyval C., Lindstrom K., Pandard P., Romero E., Sarr A., Schloter M, Simonet P., Smalla K., Wilke B.M., Martin-Laurent F., Inter-laboratory evaluation of the ISO standard 11063 ‘Soil quality – method to directly extract DNA from soil samples. J. Microbiol. Methods. 84: 454-460, 2011 |
| [12] | Terrat S., Plassart P., Bourgeois E., Ferreira S., Dequiedt S., Adele-Dit-De-Renseville N., Lemanceau P., Bispo A., Chabbi A., Maron P.A., Ranjard L., Meta-barcoded evaluation of the ISO standard 11063 DNA extraction procedure to characterize soil bacterial and fungal community diversity and composition. Microbiol. Biotechnol. 115: 131-142, 2015 |
| [13] | Plassart P., Terrat S., Thomson B., Griffiths R., Dequiedt S., Lelievre M., Regnier T., Nowak V., Bailey M., Lemanceau, P., Bispo, A., Chabbi, A., Maron, P.-A., Mougel, C., Ranjard, L. Evaluation of the ISO standard 11063 DNA extraction procedure for assessing soil microbial abundance and community structure. Plos One. 7: e44279, 2012. |
| [14] | van Elsas J. D., Smalla K., Tebbe C. C., Extraction and analysis of microbial community nucleic acids from environmental matrices. In: Tracking genetically engineered microorganisms. Edited by Jansson J. K., van Elsas J. D., Bailey M. J., Landes Bioscience, Georgetown, Texas. pp. 29‑61. 2000 |
| [15] | Ranjard L., Lejon D. P. H., Mougel C., Schehrer L., Merdinoglu D., Chaussod R., Sampling strategy in molecular microbial ecology: influence of soil sample size on DNA fingerprinting analysis of fungal and bacterial communities. Environ. Microbiol. 5: 1111‑1120, 2003 |
| [16] | Lakay F. M., Botha A., Prior B. A., Comparative analysis of environmental DNA extraction and purification methods from different humic acid-rich soils. J. Appl. Microbiol. 102: 265-373. |
| [17] | ISO 11063:2012, Soil quality — Method to directly extract DNA from soil samples |