この規格 プレビューページの目次
※一部、英文及び仏文を自動翻訳した日本語訳を使用しています。
3 用語と定義
この文書の目的上、次の用語と定義が適用されます。
3.1
土壌DNA
生きている生物相と死んだ生物相の土壌から抽出された DNA
例：
微生物、植物、動物。
3.2
ポリメラーゼ連鎖反応
PCR
特定のオリゴヌクレオチドプライマー対を使用して特定の DNA 配列の増幅を可能にする方法
3.3
定量的ポリメラーゼ連鎖反応
qPCR
オリゴヌクレオチドプライマーの特定のペアを使用して、DNA テンプレート (3.4) で特定の DNA 配列の数を定量化できる方法
3.4
テンプレート
PCR (3.2) を実行して特定の DNA 配列を増幅するために使用される DNA サンプル
3.5
アンプリコン
鋳型（3.4） から PCR（3.2） により得られたPCR産物
3.6
クローニングベクター
アンプリコン (3.5) がライゲーションによって挿入される環状 DNA 分子で、アンプリコンをクローニングするためにコンピテントな大腸菌を形質転換するために使用されます。
3.7
qPCR標準
サイクル閾値（Ct）の関数としてターゲット配列の存在量に関連する標準曲線を確立するためのqPCR反応の テンプレート（3.4） として使用されるクローン化されたDNAターゲット
3.8
非テンプレート制御
NTC
コントロール (通常は分子グレードの水)qPCR ミックス中に汚染物質が存在しないことを確認するために、qPCR アッセイでネガティブコントロールとして使用されます。
3.9
サイクルしきい値
CT
蛍光シグナルが閾値を超える（つまり、バックグラウンドレベルを超える）のに必要なqPCRサイクル数
注記 1: Ct 値は、標的配列の存在量に反比例します。
参考文献
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| 17 | Lopez-Gutiérrez J.-C.、Henry S.、Hallet S.、Martin-Laurent F.、Catroux G.、Philippot L.、リアルタイム PCR による環境中の新規硝酸塩還元細菌群の定量。 Ｊ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．方法。 2004, 57, 399–407 ページ |
| 18 | Martin-Laurent F.、Philippot L.、Hallet S.、Chaussod R.、Germon JC, Soulas G. 他、土壌からの DNA 抽出: 新しい微生物多様性分析法に対する古い偏見。応用環境。微生物。 2001, 67, 2354-2359 ページ |
3 Terms and definitions
For the purposes of this document, the following terms and definitions apply.
3.1
soil DNA
DNA extracted from soil of living and dead biota
EXAMPLE:
Microorganisms, plants, animals.
3.2
polymerase chain reaction
PCR
method allowing the amplification of a specific DNA sequence using a specific pair of oligonucleotide primers
3.3
quantitative polymerase chain reaction
qPCR
method allowing the quantification in a DNA template (3.4) of the number of a specific DNA sequence using a specific pair of oligonucleotide primers
3.4
template
DNA sample used to perform PCR (3.2) to amplify a specific DNA sequence
3.5
amplicon
PCR product obtained by PCR (3.2) from a template (3.4)
3.6
cloning vector
circular DNA molecule in which the amplicon (3.5) is inserted by ligation used to transform competent Escherichia coli for cloning the amplicon
3.7
qPCR standard
cloned DNA target used as template (3.4) for qPCR reaction to establish the standard curve relating the abundance of target sequence as a function of cycle threshold values (Ct)
3.8
non-template control
NTC
control, usually molecular grade water, that is used as negative control in qPCR assay to check for the absence of contaminant in the qPCR mix
3.9
cycle threshold
Ct
number of qPCR cycles required for the fluorescent signal to cross the threshold (i.e. exceeds background level)
Note 1 to entry: The Ct value is inversely proportional to the abundance of the target sequence.
Bibliography
| 1 | Bustin S.A., Benes V., Garson J.A., Hellemans J., Huggett J., Kubista M. et al., The MIQE Guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments. Clin. Chem. 2009, 55 pp. 611–622 |
| 2 | Hugenholtz P., Goebel B.M., Pace N.R., Impact of culture-independent studies on the emerging phylogenetic view of bacterial diversity. J. Bacteriol. 1998, 180 pp. 4765–4774 |
| 3 | Hill G.T., Mitkowski N.A., Aldrich-Wolfe L., Emele L.R., Jurkonie D.D., Ficke A. et al., Methods for assessing the composition and diversity of soil microbial communities. Appl. Soil Ecol. 2000, 15 pp. 25–36 |
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| 10 | Zhou J., Bruns M.A., Tiedje J.M., DNA recovery from soils of diverse composition. Appl. Environ. Microbiol. 1996, 62 pp. 316–322 |
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| 13 | Bru D., Ramette A., Saby N.P.A., Dequiedt S., Ranjard L., Jolivet C. et al., Determinants of the distribution of nitrogen-cycling microbial communities at the landscape scale. ISME J. 2011, 5 pp. 532–542 |
| 14 | Cohen J., Quantitative method in psychology. Psychol. Bull. 1992, 112 pp. 155–159 |
| 15 | Henry S., Baudoin E., Lopez-Gutiérrez J.C., Martin-Laurent F., Brauman A., Philippot L., Quantification of denitrifying bacteria in soils by nirK gene targeted real-time PCR. J. Microbiol. Methods. 2004, 59 pp. 327–335 |
| 16 | Henry S., Bru D., Stress B., Hallet S., Philippot L., Quantitative detection of the nosZ gene, encoding nitrous oxide reductase, and comparison of the abundances of 16S rRNA, narG, nirK, and nosZ genes in soils. Appl. Environ. Microbiol. 2006, 72 pp. 5181–5189 |
| 17 | Lopez-Gutiérrez J.-C., Henry S., Hallet S., Martin-Laurent F., Catroux G., Philippot L., Quantification of a novel group of nitrate-reducing bacteria in the environment by real-time PCR. J. Microbiol. Methods. 2004, 57 pp. 399–407 |
| 18 | Martin-Laurent F., Philippot L., Hallet S., Chaussod R., Germon J.C., Soulas G. et al., DNA extraction from soils: old bias for new microbial diversity analysis methods. Appl. Environ. Microbiol. 2001, 67 pp. 2354–2359 |